აფხაზეთის ა/რ ჯანმრთელობისა და სოციალური დაცვის სამინისტროს მიერ დაფუძნებული ა(ა)იპ აფხაზეთის სამედიცინო დაწესებულებებთან კოორდინაციის სააგენტო რიგ პროგრამებს ახორციელებს, რომელთა შორისაა:

• "ოკუპირებული აფხაზეთის ტერიტორიაზე მუდმივად მცხოვრები მოქალაქეობის არმქონე პირთა საკონსულტაციო-სადიაგნოსტიკო მომსახურების ანაზღაურების პროგრამა“ - პროგრამის მიზანია: ოკუპირებული აფხაზეთის ტერიტორიაზე მუდმივად მცხოვრებ მოქალაქეობის არმქონე პირთა სამედიცინო მომსახურების (ექიმის კონსულტაცია და ამბულატორიული კვლევები) დაფინანსების უზრუნველყოფა შესაბამისი ლიმიტის ფარგლებში.                                                                                                                                  ოკუპირებული აფხაზეთის ტერიტორიაზე მუდმივად მცხოვრები, მოქალაქეობის არმქონე პირთათვის მეტად მნიშვნელოვანია იმ სამედიცინო სერვისებზე ხელმისაწვდომობა, რომელიც სახელმწიფოს მხრიდან დაფინანსებას არ ექვემდებარება, რადგან რეფერალური მომსახურების სახელმწიფო პროგრამა ითვალისწინებს ჰოსპიტალური (სტაციონარული) მომსახურების დაფინანსებას, ხოლო ამბულატორიული კომპონენტით ფინანსური მხარდაჭერა მხოლოდ ონკოპაციენტებზე ვრცელდება.
• აფხაზეთის ოკუპირებულ ტერიტორიაზე მოქმედი სამედიცინო დაწესებულებების (მათ შორის კოვიდ- სტაციონარების) მედიკამენტების მხარდაჭერის პროგრამა, რომლის მიზანია ოკუპირებული აფხაზეთის ტერიტორიაზე მოქმედი სამედიცინო დაწესებულებების (მათ შორის კოვიდ-სტაციონარების) დახმარება საჭირო მედიკამენტებით, მოქალაქეების ჯანმრთელობის მდგომარეობის გაუმჯობესებისა და ქრონიკული დაავადებების გართულებების პრევენციის მიზნით.
• სარიტუალო მომსახურების ანაზღაურების პროგრამა. პროგრამის მიზანია საქართველოს კონტროლირებად ტერიტორიაზე გარდაცვლილ (მათ შორის კოვიდ-19 ვირუსის შედეგად) ოკუპირებული აფხაზეთში მუდმივად მცხოვრებ მოქალაქეთა სარიტუალო მომსახურება და ტრანსპორტირება ენგურის ხიდამდე.

აფხაზეთის ა/რ ჯანმრთელობისა და სოციალური დაცვის სამინისტრომ სამედიცინო დაწესებულებებთან კოორდინაციის სააგენტო 2021 წლის 1 მარტს დააფუძნა.

აფხაზეთის სამედიცინო დაწესებულებებთან კოორდინაციის სააგენტოს საქმიანობის მიზანს წარმოადგენს: ოკუპირებული აფხაზეთის ტერიტორიაზე მოქმედი სამედიცინო დაწესებულებების საქმიანობის კოორდინაცია, საქმიანობის ეფექტიანობის განსაზღვრა და კონტროლი; მათ მიერ წარმოდგენილი ინფორმაციებისა და მოთხოვნების საფუძველზე შესაბამისი პროგრამების განხორციელება; დასაქმებულ პირთა ელექტრონული ბაზის წარმოება; პერსონალის პროფესიული გადამზადების, ცოდნის უნარებისა და კვალიფიკაციის ამაღლებაში ხელშეწყობა; მაღალკვალიფიციური კადრების მოზიდვა და არსებული კადრების გადამზადება; სამედიცინო დაწესებულებების მატერიალურ-ტექნიკური ბაზის შესწავლა; საქმიანობის გაუმჯობესების მიზნით არასაბიუჯეტო სახსრების გრანტების მოზიდვა, პროექტების შემუშავება და შესაბამის უწყებებთან კოორდინირებით შემდგომი განხორციელება; ოკუპირებული აფხაზეთის ტერიტორიაზე მცხოვრები მოსახლეობის ჯანდაცვის სერვისებზე ხელმისაწვდომობაზე მუდმივი ზედამხედველობა და გაუმჯობესების მიზნით შესაბამისი ღონისძიებების დაგეგმვა; მათი ჯანმრთელობის მდგომარეობის მონიტორინგი და შექმნილი პრობლემების დროს დაუყოვნებლივი რეაგირება; ადმინისტრაციულ საზღვარზე გადმოყვანის პროცედურებში ჩართულობა; საორგანიზაციო საკითხების მოგვარება, შუამდგომლობების მომზადება შესაბამის უწყებებში, რაც დროული დაფინანსებისთვის მნიშვნელოვან პირობას წარმოადგენს.